可以申请仲裁。离职交接单只是企业内部工作交接的程序之一,不影响仲裁申请的资格及条件。当事人与用人单位有不可调和的纠纷,企业有违法事实的行为,劳动者合法权益受到损害的,事实清楚,证据确凿的,当事人有权向当地劳动仲裁机构申请仲裁,即便已经办理离职手续,也不影响仲裁立案和审理。
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