甲方公司不存在了合同还有效吗

没有效了，合同双方都是法人单位，履行的主体都是双方法人单位，现在一方的法人单位已经通过合法途径不存在了，那么所签订的合同也无效，因为没有履行的主体了。

单位在注销时都会在媒体上登报申明，这个过程就是提醒合同的相对人及时发现，及时向政府反映，公示期无人反映则默认同意其注销。