绫波丽为什么会融入初号机

因为绫波丽体内有莉莉丝的灵魂，有了她就能更好的研究、控制EVA。

绫波丽是克隆自碇唯的，而碇唯的灵魂又在初号机身上，所以为了更好的控制EVA初号机，绫波丽是很有必要的一个存在。

由于绫波丽与碇唯的种种联系，她的存在其实也寄托了碇源渡对妻子的怀念。