公司通过灵活用工开提成合法吗

合法！

用人单位有自主管理，发放提成的管理模式！企业有自主权，不需要通过任何机构和政府授权。

任何企业在给予灵活用工的同时，只需要按照税务部门要求，合理纳税，积极纳税，员工是享受提成的劳动所得。和积极的奖励机制不冲突。可以在可控范围内给予提成奖励。